可从外观、肛门和动作来区分。
外观区别：绿头鸭的公鸭头颈为绿色，头大颈粗，嘴为黄绿色或橄榄绿色；雌鸭头颈为黑色，头部较小，嘴为黑褐色。
肛门区别：雄鸭肛门有3-4厘米的交尾器，捏肛门外部可感到有交尾器管，雌鸭则没有。
动作区别：驱赶绿头鸭时，公鸭会低头伸颈，叫声尖而清晰；母鸭会昂着头，叫声低沉粗犷。
一、绿头鸭如何区分公鸭和母鸭
1、外观区别
公鸭头、颈绿色，具辉亮的金属光泽，颈部有一圈白色的羽毛，胸部颜色为紫色，嘴黄绿色或橄榄绿色，嘴甲黑色，跗蹠红色，其头部较大，颈较粗；雌鸭头顶至枕部黑色，具棕黄色羽缘，只有咖啡色和白色相间的羽毛，嘴黑褐色，嘴端暗棕黄色，跗蹠橙黄色，其头部较小，身体较扁，尾巴散开
2、肛门区别
将雏鸭握在左手掌中，用中指和无名指夹住鸭的颈部，使其腹部朝上、头部向外成仰卧姿势，然后用右手大拇指和食指挤出胎粪，再轻轻翻开肛门，如果可见有长3-4厘米的交尾器，则为雄鸭，反之则为雌鸭。还可以用左手捉住雏鸭使其背朝天，肛门朝向鉴定者的右手，用右手的拇指和食指在肛门外部轻轻一捏，手指间可感到油菜籽大小的交尾器管的则为雄鸭，反之为雌鸭。
3、动作区别
当驱赶绿头鸭时，低头伸颈且叫声高、尖而清晰的为雄鸭；而高昂着头且鸣声低、粗而沉的为雌鸭。
二、绿头鸭是几级保护动物
1、野生绿头鸭是我国国家二级保护动物。
2、目前它的数量正在逐年减少，为了保护绿头鸭，我国国家林业局在2000年的时候将绿头鸭列入《国家保护的有益的或者有重要经济、科学研究价值的陆生野生动物名录》。
