芸豆烂根死棵大致可分为两种原因，一种为病害侵染，另一种为生理性因素。
病害侵染：枯萎病、茎基腐病、链孢根腐病等常见病害均有可能导致芸豆烂根死棵。
生理性因素：包括土壤过于黏重、透气性较差，土壤积水严重，肥料施加过多等。
一、芸豆烂根死棵原因
1、病害侵染
（1）枯萎病
这种病害在生育早期发病较轻，通常在初花期开始发病，主要症状是植株叶片自下而上变黄，叶脉变褐，极易发生落叶现象。而在生育中后期发病时，轻则茎部一侧维管束变褐色，重则全部变褐色，而且植株的根量非常少，极易拔出，拔出后会发现根系腐烂。
（2）茎基腐病
这种病害顾名思义是发生在茎基部的病害，发病是病部处出现凹陷白红褐色溃疡病斑，病菌扩展到茎内组织时，茎内组织变成红砖色，该病要结合物理防治和化学防治。
（3）链孢根腐病
病害发生初期，病部出现水渍状红褐色斑点，后逐渐变为暗褐色或黑褐色，稍凹陷或开裂，以后逐渐扩展，致使主根腐烂或坏死。
2、生理性因素
芸豆耐旱但是不耐涝，喜欢疏松肥沃、透气性好的土壤，如果土壤过于粘重，透气性较差，或者田间积水的情况，它的根系受到抑制，造成叶片黄化脱落，严重时还会发生死棵现象。而过量施入化肥造成土壤盐离子浓度过高，也极易引起烂根死棵现象。
二、芸豆烂根死棵的防治方式
1、物理防治
在选好种植地后，要在整平地面基础上，起垄栽培，避免田间积水，造成沤根的问题，同时在种植要加强中耕，疏松土壤，增加土壤通透性，有助于根系生长发育，降低病害侵染机率。
2、化学防治
在物理防治的基础，再结合化学防治，枯萎病可以用30%恶霉灵、络氨铜等灌根防治；茎基腐病可用倍生、甲基立枯磷防治；链孢根腐病可用消菌灵或加瑞农防治。
