自然界分类：扇贝为双壳纲、珍珠贝目、扇贝科动物，而牡蛎为瓣鳃纲、异柱目、牡蛎科动物。
生活方式：扇贝营附着或自由生活，而牡蛎营固着生活。
结构特征：扇贝后闭壳肌发达，外套膜为简单型，外壳呈圆盘形或圆扇形，而牡蛎后闭壳肌完全丧失了运动能力，外套膜为二孔型，外壳呈三角形。
一、扇贝、牡蛎和生蚝的区别
1、自然界分类
（1）扇贝为软体动物门、双壳纲、珍珠贝目、扇贝科。
（2）牡蛎（生蚝）为软体动物门、瓣鳃纲、异柱目、牡蛎科。
2、生活方式
（1）扇贝营附着或自由生活，主要栖息在低潮带至数百米左右的浅海水域中。
（2）牡蛎营固着生活（通过壳粘着于其他物体上生活），主要栖息在潮间带和潮下带水深不超过10米的范围。
3、结构特征
（1）扇贝前闭壳肌消失，但是后闭壳肌发达，而牡蛎足部和前闭壳肌消失，后闭壳肌移动至身体中部，完全丧失了运动能力。
（2）扇贝的外套膜为简单型，即除开背缘以外，前、后、腹缘游离，没有愈着点，而牡蛎的外套膜为二孔型，即外套膜后缘仅有一个愈着点，形成出水孔以及进水孔。
（3）扇贝的外壳呈圆盘形或圆扇形，具放射肋或同心片状雕刻，而牡蛎的外壳呈三角形，触感十分粗糙，纹路较为杂乱。
二、扇贝为什么有些是红色有些是白色
1、贝壳为白色的扇贝相比贝壳为红色的扇贝，其营养价值较高，扇贝的品种不同，贝壳的颜色以及形状也略有不同，世界上的扇贝品种共有60多种。
2、雌扇贝的生殖腺通常呈橘红色，位于贝肉中间的位置，而雄扇贝的生殖腺一般呈乳白色。
