微生物肥料和化肥属于互补、相辅相成的关系。
化肥搭配微生物肥料一起使用可以提高化肥的利用率（利用率从30%可提高至70%），同时可以克服单用化肥会导致土壤板结、漏水、漏肥的缺点。
一、微生物肥料和化肥的关系
1、微生物肥料与化肥是一种互补、相辅相成的关系，如果农作物想达到优质高产的目的，就需要化学肥料与生物有机肥进行搭配使用。
2、在使用化肥的同时一定要合理利用微生物肥，这样就能大大提高化肥的利用率。我国化肥的利用率只有30%多，要么会挥发，要么就渗入地下，或者固定在土壤中，但如果配合使用微生物肥，化肥的利用率就可以高达70%。
3、如果单单使用微生物肥料，不使用化学肥料，即使土壤透气性好，有助于根系生长，但农作物还是会生长不良。
二、施用微生物肥料注意事项
1、一是防止开袋后长期不用，如果开袋后长期不用，其他菌就可能侵入袋内，使微生物菌群发生改变，影响其效果。
2、二是避免在高温干旱条件下施用。在高温干旱条件下，微生物生存和繁殖就会受到影响，不可发挥应用的作用。应选择阴天或晴天的早晨、傍晚施用这类肥料，并结合盖土、盖粪、浇水等措施，防止微生物肥料受阳光直射或因水分不足而难以发挥作用。
3、三是避免与未腐熟的农家肥混用。微生物与未腐熟的有机肥堆沤或混用，会因高温杀死微生物，影响其肥效。同时也要注意防止与过酸过碱的肥料混合施用。
4、四是避免和农药同时施用。化学农药都会不同程度地抑制微生物的生长和繁殖，甚至杀死微生物。若要施用农药，也应将施用时间错开。不可用过拌过杀虫剂、剂的种子拌微生物肥料。
5、五是微生物肥料主要基肥或种肥施用，不宜叶面喷施。施用微生物肥料，不能代替施用化肥。
