根系发达，出苗快，苗壮，生长稳健。
株高100cm左右，株型为塔型，植株清秀，长势强，叶色深绿，茎杆绿色、坚硬，铃圆形，铃壳薄，上、中、下部结铃分布均匀。
2006～2008年经山西省农业科学院棉花研究所接种鉴定，综合评价为耐枯萎病，感黄萎病。
一、运棉3539棉花品种基本信息
1、审定编号：晋审棉2009003。
2、作物名称：棉花。
3、品种名称：运棉3539。
4、申请者：山西省农业科学院棉花研究所。
5、育种者：山西省农业科学院棉花研究所。
6、品种来源：962（选自晋棉12）/2001pb-3中株系136杂交。
二、特征特性
1、根系发达，出苗快，苗壮，生长稳健。
2、株高100cm左右，株型为塔型，植株清秀，长势强，叶色深绿，茎杆绿色、坚硬，铃圆形，铃壳薄，上、中、下部结铃分布均匀。
3、 2006～2008年经山西省农业科学院棉花研究所接种鉴定，综合评价为耐枯萎病，感黄萎病。
4、抗虫鉴定：农业部转基因植物环境安全监督检验测试中心鉴定，综合评定抗性级别为抗（2级）。
5、品质分析：2007～2008年农业部棉花品质监督检验测试中心分析（HVICC校准），平均长度27.2mm，整齐度83.8%，比强度29.05cN/tex，伸长率6.25%，马克隆值4.78，反射率76.55%，黄度8.45，可纺性指数133。
三、产量表现
1、2006～2007年参加山西省南部中熟棉区区域试验，平均亩产分别为105.9kg和120.3kg，分别比对照中棉41号增产6.0%和6.4%，两年平均亩产113.1kg，比对照增产6.2%。
2、2008年生产试验，平均亩产121.2kg，比对照中棉41号增产5.4%。
