1、培养料配比不合理，搅拌不均匀。
2、培养室通风条件较差，氧气浓度低而二氧化碳浓度高，导致菌丝回菌。
3、培养室长时间处于高温状态，引起烧菌。
4、强光直射菌棒，从而导致菌棒死亡。
5、出菇环境湿度过高，或补水时水温过高或补水过多，或长期连续高温闷热天气、通风不良。
6、香菇采收后未及时清理菇根，采菇时带下大块培养料造成菌丝受伤等。
一、香菇烂棒的原因
1、培养料配比不合理，拌料不均匀，尿素、过磷酸钙、石膏、石灰等添加物超量。
2、培养室长时间通气不良，二氧化碳浓度高，氧气不足，致使菌丝回菌，影响菌丝生长发育。
3、培养室长时间温度过高，超出了香菇适宜生长温度范围，刺孔后堆温大幅度升高引起“烧菌”，造成菌丝生长脆弱甚至死亡。
4、阳光直射菌棒，强烈的紫外线菌袋内的菌丝，甚至菌丝被杀死，菌棒局部出现黄水，菌棒上淤积黄水过多，影响通气，极易造成杂菌感染。
5、出菇生产环境空气湿度过高，给菌棒补水时水温过高，补水过多，高温闷热天气通风不良等原因导致菌棒烂棒。
6、采菇后没有及时清理菇根、对于没有完全转色好的菌棒和采菇人员技术不熟练，采菇时带下大块培养料造成菌丝受伤等原因，喷水后极易滋生霉菌导致菌棒烂棒。
二、香菇菌棒转色的防治措施
1、首先要严格控制配方中麸皮的比例在20%左右，不宜过多。
2、在菌丝完全成熟后在进行脱袋，菌丝成熟后表现为袋内瘤状凸起由硬变软，接种穴附近变成咖啡色，菌棒有弹性。
3、要掌握好栽培季节，确保脱袋时温度在20-25℃为宜，脱袋后如果发生低温或高温现象，要及时采取措施保温或降温，使其正常转色。
4、在脱袋后要保持菇床湿润状况，同时要做好病虫害的防治。
