向日葵的茎秆被菌核病菌侵染，所以会腐烂。该病菌具有发达的白色菌丝体，密集后形成菌核。
病菌以菌核的形式在土壤、病残体、种子及种皮内越冬，翌年气温回升至10℃左右时，菌核会萌发出子囊盘与子囊孢子，并通过雨水、风力等媒介向外传播，当它侵染向日葵之后，就会出现病害。
连续重茬、降雨多、土壤潮湿、气温较低的年份，容易严重发生菌核病。开花期间降雨多，花盘容易严重受害。
一、向日葵茎秆为什么会腐烂
1、该病由向日葵菌核病菌侵染致病，菌丝体发达，白色，密集后形成菌核。
2、病菌以菌核在土壤内、病残体中以及混杂在种子之间和种皮内越冬，第二年春暖气温达10℃左右越冬的菌核萌发产生子囊盘和子囊孢子，随风、雨传播，侵染后引起发病。
3、连作、多雨、土壤潮湿、温度偏低的年份菌核病发生重。开花期多雨，花盘受害重。
二、向日葵茎秆腐烂的防治方式
1、与禾本科作物实行5-6年轮作。
2、深翻土壤。菌核主要在土表0-15公分处越冬，秋季深翻晒土，可以使菌核不可萌发。
3、适当晚播，可减轻病害。应注意后期增施磷钾肥，提高植株抗病性。
4、种子处理。用58℃-60℃恒温水浸种10-20分钟；用40%菌核剂，按种子重量0.3%进行拌种。
5、药剂防治。田间发现茎基部和花盘发病的，应及时采用50%腐霉利可湿性粉1500-2000倍、56%嘧菌酯·百菌清可湿性粉800倍、70%甲基硫菌灵1000倍、60%防霉宝超微可湿性粉1000倍喷雾。重点喷洒茎基部和花盘。
三、向日葵的生长阶段
1、在第一阶段是幼芽期
为播种之后长出幼芽直至它开始孕蕾为止，大概有35至50天。这期间它会逐渐长高，并且从1至2片叶片生长为多个叶片。此时根系也会迅速生长，变得很发达。
2、第二阶段是现蕾期
为植株的顶部长出星状体至它的花朵开放，大约要20天左右。此时它生长的非常旺盛，不但顶部的星状体会继续生长，逐渐发育成花盘，其它枝叶也会继续生长。
3、第三阶段为现花期
为在四分之三以上的植株花朵开始开放，到它的花儿完全开放完毕为止，大约要6至9天。这期间花儿会不断开放。若进行授粉，花儿会提前凋谢，若不进行授粉，花儿能开放7至10天左右。
4、第四阶段为成熟期
为它开完花到籽粒完全成熟为止。此期间有25至55天，但不同的品种，有非常大的差异。若授粉成功，15天后它的籽粒就可以开始生成。在环境适宜的情况下，1个月后籽粒就能完全成熟。
