大蒜连作障碍发生的原因包括病原生物影响、营养失衡、土壤碱化等。
病原生物影响：连年重茬种植大蒜，会增加土壤中的病菌、害虫的数量，这些病菌和害虫又会侵染蒜体，比如连作容易导致幼苗发生病害，根结线虫会危害大蒜的根系。
营养失衡：大蒜生长期间要吸收土壤中的养分，如果不注意使用微肥和有机肥，会造成大蒜营养失衡，继而出现生长不良、抗逆性变弱等情况。
一、大蒜连作障碍发生的原因
1、病原生物影响
（1）因为多年的重茬种植，大蒜病原体和微生物残留在土壤中，种植后会寄生在大蒜上并大量的繁殖，数量逐年上升。
（2）而且连作栽培，幼苗的抵抗力较弱，极易感染疾病，比如根结线虫在土壤中逐年成倍增加，破坏大蒜根系，影响大蒜的正常发育，使得病害逐年加重。
2、营养失衡
大蒜生长吸收土壤中多种营养元素，施肥时稍有不注意有机肥和微肥的施用，就会导致大蒜所需的养分失调，从而是大蒜生长发育不良，抗逆性下降，长势减弱，出现缺素型的生理病害。
3、土壤碱化
（1）过量的施用化肥，会导致土壤含氧量不断增加，加剧土壤盐碱化，土壤盐分积累，会导致土壤渗透性加大，大蒜根系吸收力较弱，还会导致元素间达到一定抗拒左右，影响到大蒜对某些元素的吸收，使得大蒜生长受阻，还会影响到有益微生物的生存、繁殖和活动，导致有益微泛滥成灾。
（2）另外过量使用化肥会造成土壤板结，导致土壤通透性较差，造成根系窒息。
二、大蒜连作的危害
1、常年落在，大蒜的病害发生面积逐渐攀升，据大蒜连作危害调查，大蒜连作15年以上地块病害发生严重，大蒜连作障碍并不是单一的病害，而是一系列的生理性病害以及侵染性病害的综合表现。
2、通常在3月开始发病，主要症状表现为叶片失绿变黄、干枯、死亡；以及根系发育不良、根盘变褐腐烂，严重时根系死亡；大蒜植株矮小，蒜头瘦小，严重时不可抽薹，通常会减产30-40%左右。
三、大蒜连作的防治措施
1、轮作换茬
（1）轮作换茬是解决连作障碍危害的最佳方式，和它蔬菜相比，大蒜需要的轮作年限较长，通常需要3-5年的轮作换茬，否则难以消除连作障碍。
（2）另外还不可和大葱、小葱、洋葱、韭菜等其他葱蒜类蔬菜连作，轮作时要避开葱蒜类作物。
2、施肥
增施有机肥，改善土壤结构，增加土壤有机质含量，保持良好的透气性，促进根系生长，施肥原则要采取有机、无机、微肥相结合，以有机肥为主，化肥为辅；基肥为主，追肥为辅；化肥以高氮、高钾为主。
